C'est en effet la célébré association de protection animale PETA (equivalent de la SPA au USA mais en plus radicale), qui dénonce le fait qu'on puissent chasser la baleine dans le jeu.
Le Whaling, qui consiste à tirer sur des baleines avec des harpons et de les laisser souffrir pendant des heures avant de les laisser mourir ou de les dépecer vivants, peut sembler être une chose tout droit sorti des livres d'histoire Toutefois, cette industrie sanglante est encore d'actualité, malgré la condamnation internationale, et il est scandaleux qu'un jeu le glorifie. La PETA encourage les compagnies de jeux vidéo à créer des jeux qui célèbrent les animaux, pas des jeux qui permettent de les blesser ou de les tuer.Aussitôt Ubisoft a répondu à l'association en rappelant que le jeu se voulait fidèle à la réalité:
L'Histoire est le socle des Assassin's Creed. Assassin's Creed IV: Black Flag est un monde fictif qui dépeint des évènements réels, survenus durant l'ère dorée des pirates. Nous n'allons pas fermer les yeux sur la chasse illégale à la baleine, tout comme nous ne fermons pas les yeux sur la mauvaise hygiène de vie des pirates, la spoliation, le détournement de bateau et la débauche liée à l'alcool.Bref l'éditeur envoie simplement bouler la PETA en rappelant qu'il ne s'agit que d'un jeu et qu'il ne cédera pas aux menaces de l'association. A noter que la PETA est souvent accusé aux USA pour son extrémismes, certains de ses membres ayant souvent été accusé de faire de l'ecolo terrorisme".